1999-2002
Nachdem Stefan Wessels sich durch gute Leistungen in seinem Verein TuS Lingen und der Niedersachsenauswahl für die Nationalmannschaft U19 empfohlen hatte, weckte er das Interesse des Bundesligisten FC Bayern München.


Mit der U20 feierte Stefan Wessels im Sommer 1999 in Nigeria den Vize-Weltmeistertitel. Nach seinem Abitur wechselte er in das "junior team" des Rekordmeisters und wurde weiterhin für die Jugendnationalmannschaften berufen. Während seiner Zeit im "junior team" des FC Bayern absolvierte Stefan Wessels bei der Sportförderkompanie der Bundeswehr seinen Wehrdienst.
Nach einem Jahr Regionalliga berief der Trainer des FC Bayern München, Ottmar Hitzfeld, Stefan Wessels in der Vorbereitung für die Saison 1999/2000 in den erweiterten Kader der Lizenzspielerabteilung, neben Sven Scheuer, Bernd Dreher und Oliver Kahn, was bedeutete, dass Stefan Wessels die Vorbereitung mit den Profis absolvierte.

Die Saison allerdings bestritt er wieder im Regionalliga -Team und saß die ersten Bundesligaspiele hinter Bernd Dreher auf der Bank, bis er zu einem Turnier der U20 in den Oman berufen wurde. Er reiste einen Tag früher von München ab, um einen Abend zu Hause in Lingen zu verbringen und schaute im Fernsehen das Spiel Eintracht Frankfurt - FC Bayern München an. Die Bayern hatten zu der Zeit nur noch 2 gesunde Torhüter: Bernd Dreher und Oliver Kahn, da Sven Scheuer sich im Vorfeld verletzt hatte. Das Spiel in Frankfurt wird vielen Fans und bestimmt Stefan Wessels nicht aus dem Kopf gehen: Zuerst verletzt sich Oliver Kahn nach einem Zusammenprall mit Sammy Kuffour, wenige Minuten später verdrehte sich der eingewechselte Bernd Dreher das Knie. Mittelfeldspieler Michael Tarnat hütete nun den Rest des Spieles das Tor. Nach dem Spiel ereilte Stefan Wessels ein Anruf aus München, er müsse sofort zurückkommen, denn er solle am kommenden Champions League Spieltag das Tor gegen Glasgow Rangers hüten.

Hier begann die Profi-Karriere des Stefan Wessels mit der 33: Er spielte ein starkes Spiel im ausverkauften Ibrox Park, behielt die Nerven beim 1:1 und wurde später mit Bundesliga-Spielen und einem Profivertrag belohnt.
In den folgenden Jahren erarbeitete sich Wessels den Status "Nummer Zwei" hinter Oliver Kahn, wechselte sich Woche für Woche auf der Bank mit Bernd Dreher ab, wenn Kahn allerdings ausfiel, spielte Wessels, wenn er fit war.
Nach einigen Jahren der Lehre bei Torwart-Idol Sepp Maier lief Stefan Wessels´ Vertrag im Sommer 2003 aus, die Zeit war reif für einen Wechsel, für eine Herausforderung als Nummer Eins bei einem Bundesligisten.